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BING-H-500 Introduction à la bioinformatique

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BING-H-500 - 14 Jan 2010

Pour ceux qui se demandent combien on a eu :
?
12/20
13/20
14/20
15/20
16/20
Et non, ce n’est pas une blague ... 😀

BING-H-500 - 4 Jan 2010

* Première question: Les interactions permettant le maintien de la structure tertiaire
C'est surtout les liaison non covalentes & les ponts disulfure pour les liaisons covalentes.
Pour les liaisons non covalentes, elle demande de développer l'interaction pi-pi (haha), il faut lui expliquer qu'il y a deux conformations possible: l'une qui délocalise plus les les charges négatives et l'autre en T qui genre la structure globale neutre...
* Deuxième question: les alignements de séquence
- Alignement par paire: dotplot, dotplot automatisé, Needleman ou Waterman.
- Alignement multiple: modèle de markow caché

BING-H-500 - 4 Jan 2010

Première question : algorithmes permettant de déterminer la structure secondaire d'une protéine.
J'ai parlé de GOR, des méthodes empiriques, et des résaux neuronaux. Elle m'a demandé la formule pour déterminer les scores dans GOR (je savais pas : c'est aussi un truc dérivé de Boltzmann, comme pour les potentiels statistiques), et de pas mal développer les résaux neuronaux (couche cachée, apprentissage...)
Deuxième question : différentes méthodes de réaliser la phylogénie.
J'ai présenté l'approche phénétique et les deux méthodes cladistiques. À partir de l'approche phénétique, elle m'a demandé comment on pouvait dire que deux génomes étaient "proches" -> alignement -> Needleman-Wunsch.
Elle a été très sympa pendant tout l'examen, elle pose pas mal de sous-questions, parfois tu te demandes ce qu'elle veut, mais elle finit par te mettre sur la voie. Bon, j'ai aussi eu du bol sur les questions, j'avoue :p

BING-H-500 - 4 Jan 2010

Pour ma part, J'ai eu comme première question : "la thermodynamique du repliement" en gros, faut retaper plus ou moins tout ce qu'on sait sur le repliement et exlpiquer surtout avec les petites formule thermo genre G=H-TS etc.... lui donner les diagrammes,etc... En gros, un peu de tout
La deuxième question : paradoxe de Levinthal : c'est quoi comment il le résout... on est aussi passer sur le coopératif et "tout ou rien" du repliement.
Voilà, l'exam se passe donc au tableau, pas de temps de prépa, la prof n'est vraiment pas impressionante, mais elle a l'art de parfois poser des questions dont on ne voit pas du tout comment répondre, mais elle met assez vite sur la voie et puis il faut continuer.
Vinz

BING-H-500 - 10 Sep 2009

Ce sont des questions auxquelles on répond directement au tableau (un peu comme l'examen oral de chimie de Bogaerts). j'ai eu comme questions:
- les interactions permettant les maintien de la structure tertiaire d'une protéine
- le repliement est-il un processus coopératif, tout ou rien, ...?


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